Nonostante i sottoprodotti della filiera animale (farina di ossa/polvere di ossa, MBM, PAP) siano prodotti sterili al momento della loro produzione, come per qualsiasi materiale a contenuto proteico, c'è un rischio molto elevato di ricontaminazione e contaminazione incrociata durante il loro utilizzo. Poiché i sottoprodotti animali sono a base di proteine dei mammiferi, i patogeni umani e animali rappresentano il principale potenziale di rischio. Mentre i prodotti sono sterili appena vengono prodotti, la ricontaminazione può verificarsi ovunque lungo il percorso fino al momento di utilizzo. Le industrie che trattano i rifiuti animali prendono molte precauzioni per prevenire la ricontaminazione mentre il materiale è in loro possesso, ma non hanno alcun controllo sul loro prodotto una volta che lascia la propria struttura. Sebbene il normale trattamento termico > 133°C per 20 minuti a 3 bar di pressione possa essere sufficiente per sterilizzare la farina d'ossa di categoria 3, dopo che il materiale ha lasciato la fabbrica il la ricontaminazione e la contaminaione incrociata costituiscono un rischio incombente. L'UE vieta l'uso di sottoprodotti animali per soddisfare i fabbisogni degli allevamenti. Per quanto riguarda l'utilizzo di farina di ossa grezze per la fecondazione diretta in ambiente aperto in vivo, vi è un alto rischio di contaminazione incrociata e ricontaminazione di patogeni umani e animali. Pertanto, nel caso del recupero del fosforo da qualsiasi prodotto osseo, solo il processo di carbonizzazione a valore aggiunto a una temperatura interna del materiale <850°C fornisce una soluzione del tutto sicura. Una corretta carbonizzazione delle ossa offre opportunità tecniche di gran lunga migliori per la valorizzazione del prodotto rispetto all'uso altamente rischioso della farina di ossa grezza per qualsiasi applicazione in vivo.
Il principio di responsabilità del produttore: i produttori hanno la piena responsabilità per i casi di contaminazione incrociata e ricontaminazione di malattie da sottoprodotti animali ("i fabbricanti di prodotti sono responsabili dell'impatto ambientale dei loro prodotti durante il ciclo di vita dei prodotti, inclusi gli impatti a monte inerenti alla selezione dei materiali per i prodotti, gli impatti dei produttori, il processo di produzione stesso e gli impatti a valle durante l'uso e lo smaltimento dei prodotti).