Bien que les sous-produits de l'équarrissage des animaux (farines et gruaux d'os, FVO, PAP) soient des produits stériles sur le lieu de production, comme pour toute matière protéique, il existe un risque très élevé de contamination croisée et de recontamination pendant les applications. Comme les sous-produits de l'équarrissage sont à base de protéines de mammifères, les agents pathogènes pour l'homme et les animaux constituent le principal risque potentiel. Alors que les produits d'équarrissage laissent le cuiseur négatif aux bactéries, une recontamination peut se produire n'importe où sur le chemin du point d'utilisation. Les équarrisseurs prennent de nombreuses précautions pour éviter la recontamination pendant que le repas est en leur possession, mais n'ont aucun contrôle sur leur produit une fois qu'il a quitté l'établissement. Bien que le traitement habituel >133°C, 20 minutes, 3 bars de traitement thermique, puisse être suffisant pour stériliser la farine d'os de catégorie 3, après que le matériel ait quitté l'usine, la croix et la recontamination constituent un risque. L'UE interdit l'utilisation de sous-produits d'équarrissage pour les animaux d'élevage. En ce qui concerne l'utilisation de la farine d'os brute pour la fertilisation directe en milieu ouvert in vivo, il existe un risque élevé de contamination croisée et de recontamination des agents pathogènes humains et animaux. Par conséquent, dans le cas de la récupération du phosphore de tout produit osseux, seul le traitement de carbonisation à valeur ajoutée à une température au cœur du matériau <850°C offre une solution totalement sûre. Une carbonisation appropriée des os offre de bien meilleures possibilités techniques de valorisation du produit que l'utilisation très risquée de la farine d'os brute pour toute application in vivo.
Le principe de la responsabilité du producteur : Les producteurs sont pleinement responsables des cas de contamination croisée et de recontamination des sous-produits animaux ("les fabricants de produits sont responsables des incidences environnementales de leurs produits tout au long de leur cycle de vie, y compris les incidences en amont inhérentes à la sélection des matériaux pour les produits, les incidences des fabricants, le processus de production lui-même et les incidences en aval de l'utilisation et de l'élimination des produits.