Pomimo tego, że produkty uboczne pochodzenia zwierzęcego (mączka kostna/śrut kostny, MBM, PAP) są na etapie produkcji sterylne, tak samo jak inne materiały zawierające białko, istnieje duże ryzyko występowania skażenia powtórnego i krzyżowego podczas ich stosowania. Ze względu na fakt, iż produkty uboczne pochodzenia zwierzęcego są na bazie białka ssaków, ludzkie i zwierzęce patogeny stanowią dla nich główne potencjalne źródło ryzyka. Produkty te są wolne od bakterii w momencie zakończenia procesu produkcji, ale zakażenie powtórne może nastąpić w dowolnym momencie do czasu procesu utylizacji. Producenci podejmują wszelkie środki ostrożności, by zapobiegać zanieczyszczeniu w czasie gdy mają kontrolę nad produktem, natomiast nie mają takiej możliwości gdy produkt opuści zakład. Zazwyczaj stosowana obróbka termiczna w temperaturze >133°C, czasie 20 minut i ciśnieniu 3 barów może być wystarczająca do sterylizacji mączki kostnej 3 kategorii, ale po opuszczeniu miejsca produkcji podlega ona ryzyku zanieczyszczenia. UE zabrania stosowania produktów ubocznych pochodzenia zwierzęcego w paszach dla zwierząt gospodarskich. Jeśli zaś chodzi o wykorzystanie surowej mączki kostnej do bezpośredniego nawożenia w otwartym środowisku, istnieje wysokie ryzyko powtórnego skażenia patogenami ludzkimi i zwierzęcymi. Dlatego też, w przypadku odzyskiwania fosforu z jakichkolwiek produktów kostnych, jedynie dodatkowy proces karbonizacji w temperaturze wnętrza <850°C zapewnia w pełni bezpieczne rozwiązanie. Odpowiednia karbonizacja kości to lepsze rozwiązanie techniczne dla waloryzacji produktu w porównaniu z ryzykownym użyciem surowej mączki kostnej w bezpośredniej aplikacji.
Zasada odpowiedzialności producenta: Producenci ponoszą wszelką odpowiedzialność za przypadki zakażenia krzyżowego i ponownego skażenia produktów ubocznych pochodzenia zwierzęcego (wytwórcy produktów ponoszą odpowiedzialność za wpływ środowiskowy swoich produktów w całym cyklu życia produktu, w tym skutki początkowych etapów cyklu życia związanych z doborem materiałów do produkcji, wpływem producentów, samym procesem produkcji, a także skutki na dalszych etapach, wynikające ze stosowania i utylizacji produktu.